지우와 친구들은 포켓몬 르포 기자인 팬지와 함께 어느 섬의 포켓몬센터를 방문했다. 취재 기사를 정리하는 팬지를 대신하여 지우와 친구들은 고고트를 봐주기로 한다. 지우는 칼로스지방 포켓몬인 고고트에게 흥미를 보인다. 그러던 중, 이 섬에 살고 있는 토니가 고고트에게 다가왔다. 고고트는 토니에게 장난을 치다가 우연히 고고트 뿔에 토니의 손이 닿는다. 고고트는 뿔이 닿은 사람의 생각을 알 수 있어, 토니의 생각을 읽고 그를 등에 태워 어딘가로 가 버린다. 지우와 친구들은 사라진 고고트를 찾던 중, 아무래도 고고트가 토니 아버지의 근무지인 천문대로 갔을 것이라는 정보를 입수하는데...
